A levéltár állománya az egyes iratképző szervek és intézmények által kibocsátott iratok csoportjaira, fondokra tagolódik, amelyek történeti és levéltárszakmai szempontok alapján fondcsoportokat alkotnak. Levéltárunkban jelenleg kilenc fondcsoport található, amelyek kb. 700 iratfolyóméter terjedelmű iratanyagot foglalnak magukban. Ez a mennyiség az intézményi iratátvételekkel, illetve a plébániai és espereskerületi levéltárak beszállításával folyamatosan növekszik.

A 2013-ban befejezett levéltári revízió eredményeképp újonnan kialakított rendszer hierarchikusan épül fel: fondcsoportok, fondok, állagok, sorozatok és néhol alsorozatok alkotják a levéltári rendet, a jelölésben pedig az állami levél-tárakéhoz hasonló szisztémát vezettünk be. Római számos jelölést kaptak a fondcsoportok, ezen belül arab számmal jelöltük a fondokat, az ábécé kisbetűivel az állagokat (ha vannak), ismételten arab számokkal a sorozatokat és kisbetűkkel az alsorozatokat.

Az iratállomány leírását lásd a magyarországi egyházi levéltárak közös segédletében

A levéltár fondcsoportjai: